Слабой стороной системы ACARS является отсутствие проверки пакетов данных, передаваемых от наземных станций до самолета. В связи с этим можно обмануть этот механизм путем вставки нового пакета данных с информацией отправляемой на самолет. Теоретически, таким образом, потенциальный злоумышленник может повлиять на решение пилота о смене курса, отправив в самолет, например, ложное сообщение о предстоящей грозы. Аналогичный механизм может быть использован, чтобы обмануть систему GPS, которая будет ошибочно интерпретировать положение самолета.

Система ACARS использует собственную схему кодирования и декодирования, которая используется с 1978 года. Следует обратить внимание на тот факт, что в те времена системы авиакомпании не были спроектированы с учетом кибербезопасности. ACARS, таким образом, устарела, поэтому производители самолетов должны как можно скорее ввести его преемника, с учетом последних тенденций в области ИТ безопасности.